কালিয়াচকে বিচারকদের আটকে রাখার ঘটনায় শুরু থেকেই জোরদার তদন্ত এনআইএ-র। রিপোর্ট অনুযায়ী, ৩ এপ্রিল তদন্তের প্রথম দিনই মধ্যরাত পর্যন্ত অভিযান চালান কেন্দ্রীয় তদন্তকারীরা। যে বিডিও অফিসে বিচারকদের ঘেরাও করে রাখা হয়েছিল, সেখানে কেন্দ্রীয় বাহিনীকে সঙ্গে নিয়ে গিয়েছিলেন এনআইএ তদন্তকারীরা। এদিকে এই ঘটনায় পুলিশ যে সিসিটিভি ফুটেজ বাজেয়াপ্ত করেছে, তা মোথাবাড়ি থানায় বসে খতিয়ে দেখেন এনআইএ তদন্তকারীরা। এছাড়াও বেশ কয়েকজন প্রত্যক্ষদর্শীর সঙ্গে কথা বলেন আধিকারিকরা। পাশাপাশি, কখন পুলিশ প্রথম খবর পেয়েছিল, কীভাবে পরিস্থিতি মোকাবিলা করা হয়েছে এবং ঘটনার সময় পুলিশের ভূমিকা কী ছিল, তা নিয়েও তদন্ত করছে এনআইএ।
রিপোর্ট অনুযায়ী, প্রথম দিনের তদন্তের পরে রিপোর্ট জমা দেওয়া হয়েছে এনআইএ-র আইজি সোনিয়া সিংয়ের কাছে। এনআইএ-র তরফ থেকে সংগ্রহ করা যাবতীয় তথ্য খতিয়ে দেখে বৈঠকও করেছেন সোনিয়া সিং। কালিয়াচক কাণ্ডে সুপ্রিম কোর্টকে রিপোর্ট জমা দিতে হবে এনআইএ-কে। এই মামলায় এখনও পর্যন্ত ৩৫ জনকে গ্রেফতার করা হয়েছে। এই ঘটনায় এআইএমআইএম নেতা তথা আইনজীবী মোফাক্কেরুল ইসলামকে গ্রেফতার করা হয়েছে বাগডোগরা বিমানবন্দর থেকে। এদিকে গ্রেফতার হয়েছেন মোথাবাড়ি কেন্দ্রের আইএসএফ প্রার্থী শাহজাহান আলি কাদরিও।
উল্লেখ্য, রিপোর্ট অনুযায়ী, ১ এপ্রিল বিকেল ৪টে থেকে কালিয়াচক ২ ব্লক অফিস ঘেরাও করে বহু মানুষ। সেই সময় বিডিও অফিসে ছিলেন ৭ জন বিচারক। গভীর রাত পর্যন্ত এই সব বিচারকদের বিডিও অফিসেই আটকে রাখে বিক্ষোভকারীরা। সেই ঘটনার নেপথ্যে অন্যতম 'মাথা' এই মোফাক্কেরুল ছিল বলে অভিযোগ। প্রায় ৮ ঘণ্টা ধরে কালিয়াচক ২ ব্লক অফিসে ঘেরাও ছিলেন ৭ বিচারক। প্রায় মধ্যরাতে সেই বিচারকদের উদ্ধার করে নিয়ে যায় পুলিশ। এদিকে এই ঘটনার পরও বিচারকদের ওপর হামলার চেষ্টা হয় বলে অভিযোগ। কালিয়াচক ২ ব্লক অফিস থেকে যখন বিচারকদের পুলিশ উদ্ধার করে নিয়ে যায়, সেই কনভয়ে হামলা চালায় বিক্ষোভকারীরা। পুলিশ কনভয়ের গাড়ির কাচ ভেঙেছে সেই হামলায়। সেই ঘটনার প্রাথমিক তদন্তে ঘটনার মূলচক্রী হিসাবে মোফাক্কেরুলের নাম উঠে আসে। নাম জড়ায় আইএসএফ প্রার্থীরও।